Die Kirchengemeinde Fessenheim besteht seit der endgültigen Einführung der Reformation im Territorium der Grafen Oettingen-Oettingen im Jahr 1559. Zuvor gab es bereits evangelische Strukturen, nach der Niederlage der Evangelischen im Schmalkaldischen Krieg wurde manches zurückgefahren. Kaiser Karl V. war im Jahr 1546 auf dem Weg in den Schmalkaldischen Krieg nachweislich in Fessenheim zu Gast.
Im 30-jährigen Krieg wurde Fessenheim wie die meisten Riesdörfer schwer beschädigt, ausgeplündert und die meisten Bewohner flohen, von 1634-1648 schweigen die Kirchenbücher. Nach dem Krieg waren noch 16 Fessenheimer dort wieder ansässig. Österreichische Exulanten übernahmen einige Hofstellen, die Kirche wurde aber erst 1778 in der heutigen Form wiederaufgebaut.
Nach dem 2. Weltkrieg kamen auch katholische Vertriebene ins Dorf und so wurde 1961 die Christkönigkirche gebaut, nicht nur für die Fessenheimer Katholiken, sondern auch für die aus Alerheim, Holzkirchen und Rudelstetten.
Seit 1977 ist Fessenheim kein evangelischer Pfarrsitz mehr, bereits 1929-1969 bildete es mit Holzkirchen eine Pfarrei, gehörte 1968-82 zur Pfarrei Wemding und seit 1982 zur Pfarrei Deiningen mit Fessenheim.
1986 verkaufte die Gemeinde das Pfarrhaus, riss das Schulhaus ab und baute sich dort mit viel Eigenleistung ein neues Gemeindehaus.
Heute hat die Kirchengemeinde Fessenheim ca. 270 Gemeindeglieder und ein blühendes Gemeindeleben.